中心主任委员会，设主任1名，副主任2-3名，委员由相关管理部门负责人及专家组成。

   主  任：吴普特

   副主任：茆智、康绍忠

   委  员：平台主任、部分相关专家

   中心运行管理实行主任负责制，负责中心日常运行管理、岗位招聘、人员考核、研究生培养、自主科研经费管理、协同项目运行等。

   中心主任兼任基础理论与共性技术平台主任：吴普特研究员

   中心副主任兼任季节性缺水区农业高效用水平台主任：茆智院士

   中心副主任兼任灌溉农业高效用水平台主任：康绍忠院士

   旱作农业高效用水平台主任：山仑院士